1 - La maladie et l’épidémie​

Présentation clinique

Classe d’âge des cas 
10 ans =1% ; 10-19 ans=1% ; 20-29 ans=8% ; 30-79 ans= 87% ; ≥ 80 ans= 3%.

Symptomatologie polymorphe
Signes infectieux (fièvre, frissons) et signes respiratoires (toux, dyspnée).
Fréquence des signes extra-respiratoires survenant notamment en tout début d’infection et constituant des éléments d’orientation diagnostique si de survenue brutale 
HCSP – Préparation des épidémies de virus hivernaux en période de circulation du SARS-CoV-2 – 4 octobre 2020
Académie de médecine – Symptômes inhabituels devant faire rechercher une Covid-19 – 17 juin 2020

– En population générale: asthénie inexpliquée, myalgies inexpliquées, céphalées, anosmie ou hyposmie, agueusie ou dysgueusie
– Chez les personnes de plus de 80 ans: altération de l’état général, chutes répétées, apparition ou aggravation de troubles cognitifs, syndrome confusionnel, diarrhée, décompensation d’une pathologie antérieure
– Chez les enfants: tous les signes cités en population générale, altération de l’état général, diarrhée, fièvre isolée chez l’enfant de moins de 3 mois
– En situation d’urgence: troubles du rythme cardiaque récents, atteintes myocardiques aigües, évènement thromboembolique grave.
HCSP. Avis relatif aux signes cliniques d’orientation diagnostique du Covid-19 – 20 avril 2020 

Personnes asymptomatiques
Des approches méthodologiques complexes ont estimé que la fraction des « infectés non répertoriés » (qui inclut des sujets asymptomatiques) serait de 86% (95% CI: [82%-90%]).
Dans une étude sur l’investigation du bateau de croisière Diamond Princess, le pourcentage de cas asymptomatiques a été estimé à 17,9% (95% CrI : 15.5–20.2%)
HCSP. 4.2. Formes pauci-symptomatiques ou asymptomatiques (page 9) – 8 avril 2020

Sévérité

Formes modérées = 81%
Formes sévères = 14% (dyspnée, fréquence respiratoire ≥30/mn, SaO2≤ 93%, PiO2 <300, et/ou infiltrat pulmonaire > 50% en 24-48h),
Formes critiques = 5% (SDRA, choc septique, et/ou défaillance multiviscérale)

HCSP. 4.1.1 Présentation clinique (page 7) – 5 mars 2020

Transmission

Transmission par inhalation de gouttelettes suite à éternuements ou toux. Virus présent dans les voies aériennes supérieures et potentiellement inférieures.
Transmission vers les mains possible mais non prouvée.
Surfaces contaminées : survie 3 heures (surfaces inertes sèches) à 6 jours (milieu humide).
Transmission fécale non documentée. Virus présent dans les selles même après disparition des symptômes.
Transmission possible par personnes asymptomatiques.
HCSP – Risque de transmission du virus SARS-CoV-2 par les activités liées au tabagisme et au vapotage – 15 janvier 2021
DGS-Urgent n°2021_05 : Nouvelles variantes Sars-Cov2 : Conduite à tenir – janvier 2021
Inserm. Le risque de transmission par porteurs sains confirmé – 1er avril 2020
HCSP. 3. Point sur les modes de transmission (page 4) – 5 mars 2020
NEJM. Aerosol and surface stability of SARS-Cov-2. 17 mars 2020

Contagiosité
Indice de reproduction de base (R0) entre 2 et 3 : transmissibilité supérieure à celle de la grippe saisonnière.
HCSP. 3. Points sur les modes de transmission (page 4) – 5 mars 2020

Le clone anglais « VUI-UK »  : anticiper une reprise épidémique en Janvier
Note d’alerte du Conseil scientifique – 23 décembre 2020

Transmission présymptomatique possible 6 jours avant le début des symptômes.
HCSP. 4.2. Formes pauci-symptomatiques ou asymptomatiques (page 8) – 5 mars 2020

Evolution naturelle

Incubation de 4 à 4,9 jours, toutefois apparition des symptômes possible entre 2 à 14 jours après exposition.
HCSP. 4. Clinique (page 2) – 8 avril 2020

Temps médian de guérison clinique
Deux semaines pour les formes peu sévères
3 à 6 semaines pour les formes graves
Report of the WHO-China Joint Mission on Coronavirus Disease 2019 (COVID-19). 2020

SDRA
Survenue dans 17,6 à 29% des cas.
Délai de survenue = 9 jours
HCSP. 4.1.1 Présentation clinique (page 7) – 5 mars 2020

Formes compliquées
– Aggravation vers le 7ème jour avec atteinte parenchymateuse, sepsis, surinfections bactériennes ou fongiques.
Cliniquement : dyspnée vers J8 et détresse respiratoire vers J9.
Radiologiquement : pneumopathie en verre dépolie, unilatérale préférentiellement sur le lobe inférieur droit, puis bilatérale.
HCSP. 4.1.1 Présentation clinique (page 7) et 4.5.4 Anomalies radiologiques (page 12) – 5 mars 2020

Principaux facteurs de risque d’évolution défavorable selon la littérature
– Âge : mortalité = 0% chez les moins de 9 ans, 8% chez les patients âgés de 70-79 ans, 14,8% chez les patients 80 ans.
Comorbidité : HTA, pathologie cardiovasculaire, diabète, maladie vasculaire cérébrale.
– 
Critère clinique majeur : saturation en oxygène mesurée avec une oxymétrie de pouls (Sp02) < 95% en air ambiant (en l’absence d’affection respiratoire chronique hypoxémiante) 
– Polypnée (fréquence respiratoire > 24 cycles /minute au repos) 
– Chute de la pression artérielle systolique < 100 mm Hg (en l’absence de prise d’antihypertenseurs)
– Altération brutale de l’état général ou de la vigilance chez le sujet âgé.
HCSP. 2.3 Facteurs de risque d’évolution défavorable (page 5) – 8 avril 2020

Guérison

NB. Une toux irritative peut persister.

Population générale
Au moins 8 jours après le début des symptômes
ET au moins 48h après disparition de la fièvre
ET au moins 48h après disparition de la dyspnée.
Pendant encore 7 jours, éviter les contacts rapprochés avec personnes fragiles.

Immunodéprimés
Au moins 10 jours après le début des symptômes
ET au moins 48h après disparition de la fièvre
ET au moins 48h après disparition de la dyspnée.
Pendant encore 14 jours, port du masque chirurgical lors de la reprise des activités professionnelles.

Soignants sans risque de forme grave
Au moins 8 jours après le début des symptômes
ET au moins 48h après disparition de la fièvre
ET au moins 48h après disparition de la dyspnée.
Pendant encore 7 jours, port du masque chirurgical lors de la reprise des activités professionnelles.

Soignants avec risque de forme grave
Au moins 10 jours après le début des symptômes
ET au moins 48h après disparition de la fièvre
ET au moins 48h après disparition de la dyspnée.
Pendant encore 7 jours, port du masque chirurgical lors de la reprise des activités professionnelles (14 jours pour les patients immunodéprimés).

Soignants ayant développé une forme grave de Covid-19
Critère virologique.
Ministère des solidarités et de la santé. Lignes directrices pour la prise en charge en ville (paragraphe 3) – 20 avril 2020

Cas asymptomatiques 
10 jours après le prélèvement RT-PCR+
Ministère des Solidarités et de la Santé. Stratégie de « contact-tracing isolement », en complément des mesures de distanciation (page 5 à 8) – 6 mai 2020
Ministère des Solidarités et de la Santé -Doctrine de mise en œuvre du « Contact tracing » – extrait des instructions ministérielles – 13 mai 2020 

Définition de cas de réinfection
SPF – Définition de cas de réinfection au SARS-CoV-2 – 23 décembre 2020

NDLR. Les patients guéris sont en principe immunisés. En l’absence de donnés spécifiques sur le sujet, il semble nécessaire de poursuivre l’application des mesures barrières.

Létalité

Létalité globale = 2,3%
Ce taux de létalité a été calculé sur les cas confirmés. Il ne tient pas compte des « infectés non répertoriés », c’est-à-dire les malades qui n’ont pas eu de test PCR. Des approches méthodologiques complexes ont estimé que la fraction des « infectés non répertoriés » serait de 86% (95% CI: [82%-90%]).
HCSP. 4. Clinique (page 5) – 5 mars 2020

Mortalité = 0% chez les moins de 9 ans, 8% chez les patients âgés de 70-79 ans, 14,8% chez les patients 80 ans.
HCSP. 4.5 Facteurs de risque d’évolution défavorable (page 11) – 5 mars 2020

Evolution de l’épidémie

Stratégie de lutte : casser les chaines de transmission

La politique est maintenant le dépistage à grande échelle et l’isolement des personnes détectées tout en maintenant l’état d’urgence sanitaire.
Chez une personne contact à risque, la période de quarantaine est allégée de 14 jours à 7 jours en cas de test RT-PCR négatif à 7 jours du dernier contact avec le cas
Avis du Conseil scientifique : Entre vaccins et variants : une course contre la montre – 13 janvier 2021
JORF – Mesures générales nécessaires pour faire face à l’épidémie dans le cadre de l’état d’urgence sanitaire- Décret n° 2021-31 – 15 janvier 2021
Avis du Conseil scientifique COVID-19 prorogation état d’urgence jusqu’au 1er juin 2021 – 8 janvier 2021
DGS – Eviter la propagation des variantes du SARS-CoV-2 – communiqué de presse – 7 janvier 2021
DGS – Urgent – Durée d’isolement et de quarantaine des cas confirmés de Covid-19 et des personnes contact à risque – 29 septembre 2020
Avis du Conseil scientifique – note d’alerte pour un contrôle renforcé de l’épidémie – 22 septembre 2020
Avis du Conseil scientifique : Proroger les mesures transitoires suite à la sortie de l’état d’urgence jusqu’au 1er avril 2021 – 18 septembre 2020
Départements en zone rouge : qu’est-ce que ça change ?
Avis n°9 du Conseil scientifique du 3 septembre mis en ligne le 9 septembre 2020
Avis n°7 du Conseil scientifique COVID-19 : 4 scénarios pour la période post-confinement
JORF – Avis sur le suivi numérique des personnes (texte n°50) – 3 mai 2020
Ministère de la Santé – Confinement et critères de sortie. Avis du Conseil scientifique – 20 avril 2020
Ministère des solidarités et de la santé. Guide méthodologique COVID-19 – Préparation a la phase épidémique. Etablissements de santé, médecine de ville et EMS (Page 14) – 16 mars 2020

Depuis le déconfinement
Identifier et mettre à l’isolement les personnes potentiellement malades et contagieuses, mais aussi recenser pour chacune l’ensemble des personnes avec qui elles ont été en contact rapproché.

Pour faire face à l’épidémie de covid-19 
Des opérations collectives de dépistage par des tests rapides nasopharyngés d’orientation diagnostique antigéniques peuvent être autorisées
Le prélèvement naso-pharyngé peut être réalisé par un masseur-kinésithérapeute sous réserves
JORF n°0226 du 16 septembre 2020 (Texte n° 24)

Les tests salivaires peuvent compléter les tests nasopharyngés chez les personnes symptomatiques
HAS – communiqué de presse – 18 septembre 2020

« Contact Covid » téléservice élaboré par l’Assurance Maladie et accessible via Amelipro 
Il permet aux médecins d’enregistrer l’ensemble des informations concernant leur patient et les éventuels cas contacts qu’ils auraient recensés.
Le rôle dévolu au médecin qui reçoit le patient symptomatique est de recueillir sur Amelipro les données concernant le patient et les personnes qui vivent à son domicile. Ce travail peut être coté G+MIS (55 euros).
De façon optionnelle, le médecin peut choisir de recueillir aussi des données concernant les cas contacts hors domicile. La stratégie est illustrée en 3 fiches récapitulatives et téléchargeables.
L’Assurance Maladie et les ARS prennent le relais du dépistage, les résultats des tests PCR étant centralisés sur un système d’information national de suivi du dépistage (SI-DEP) avec un encadrement des données.
Fiches téléchargeables « J’ai les signes de la maladie » « J’ai été en contact » « Je limite les transmissions » 14 mai 2020
Contact Covid guide des fonctionnalités 13 mai 2020
La protection des données personnelles – 13 mai 2020
Doctrine de mise en œuvre du « Contact Tracing » extrait des instructions ministérielles 13 mai 2020
Avis de la CNIL sur un projet de décret relatif aux systèmes d’information – 13 mai 2020
CNAM – Les médecins au cœur du circuit de « contact tracing » des patients COVID-19 – 2 mai 2020

Outil étapes clés parcours Covid-19
Calcule automatiquement la durée d’isolement en fonction de la date de début des signes ou du dernier contact avec le cas.
ARS IDF – Outil étapes clés parcours Covid-19

Vaccination

Données scientifiques
ANSM mobilisée dans la mise à disposition des vaccins COVID-19
New England Journal of Medicine – 11,1 cas d’anaphylaxie pour un million de doses du Comirnaty ® -30 décembre 2020
SPILF : Questions réponses à l’usage des soignants – 29 décembre 2020
Revue Nature – Un guide de vaccinologie : des principes de base aux nouveaux développements – 22 décembre 2020

Recommandations
EPI-PHARE -Surveillance pharmaco-épidémiologique des vaccins contre la COVID-19 -15 janvier 2021
HAS – Place du Vaccin Moderna Covid-19 mRNA – 8 janvier 2021
Société française d’Hygiène Hospitalière – Mesures de prévention du risque infectieux lors d’un acte de vaccination- 6 janvier 2021
Service public – Calendrier : prise de RV à partir du 14 janvier 2021 pour les + de 75 ans dans des centres de vaccination par téléphone et internet à partir de https://sante.fr/ – 7 janvier 2021
SPILF : Vaccins contre la Covid-19 : questions et réponses – 24 décembre 2020
Mission Primo – Prévention sur les AES
HAS : Stratégie d’utilisation du vaccin Comirnaty ® -24 décembre 2020
DGS : La vaccination contre la Covid-19 – 24 décembre 2020

En pratique
Lieux de vaccinations
Point sur la stratégie et les vaccins personnes à haut risques – 15 janvier 2021
Filières de Santé Maladies Rares – Vaccination en très haute priorité de pathologies rares
Manipulation illustrée du vaccin Cominarty – 9 janvier 2021
SPILF – Aiguilles et vaccin – 8 janvier 2021
European Medicines Agency – 6 doses autorisées avec un flacon (sous conditions d’utilisations) – 8 janvier 2021
ANSM – Administration de la seconde dose du Comirnaty ® possible entre 3 à 6 semaines  -7 janvier 2021
DGS – Portefolio vaccination anticovid à destination des professionnels – 31 décembre 2020
CNAM – Nouvelle consultation de prévention de la contamination aux personnes vulnérables – 29 décembre 2020
CNAM – Cotation et rémunération des médecins – 28 décembre 2020
DGS – Organisation de la vaccination en EHPAD et en USLD – 24 décembre 2020
HAS – Réponses rapides / Consultation de pré-vaccination en soins de premier recours – 24 décembre 2020
DGS – Organisation générale de la vaccination – 24 décembre 2020
CNAM – Stratégie : ouverture prévue le 4 janvier d’un téléservice « Vaccin Covid » – 28 décembre 2020
CNAM – le point sur la stratégie et les vaccins – 28 décembre 2020

Surveillance
ANSM – Dossier Vaccins Covid-19 – 24 décembre 2020
ANSM – Dispositif de surveillance renforcée – 24 décembre 2020

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